Djembe kilmė siekia Mali imperijos laikus Vakarų Afrikoje, maždaug XIII amžių. Tai instrumentas, atsiradęs mandinkų tautos kultūroje, kuri tuomet apėmė platų regioną – dabartinę Malį, Gvinėją, Burkina Fasą, Senegalą, Dramblio Kaulo Krantą.
Pats žodis „djembe” kilęs iš Vakarų Afrikos kalbų ir, kaip pasakoja tradicija, reiškia raginimą susiburti taikoje. Tai nėra atsitiktinumas – djembe nuo pat pradžių buvo bendruomenės instrumentas, šaukiantis žmones į vieną ratą.
Į kitus pasaulio kraštus djembe paplito XX a. antroje pusėje, kai Vakaruose suaugo susidomėjimas afrikietiška muzika ir perkusija. Šiandien jis grojamas tiek tradicinėje muzikoje, tiek šiuolaikinėje, tiek terapinėse ir mėgėjiškose grupėse.